本作の主人公の天上ウテナは、幼い頃自分を助けてくれた王子様に憧れる少女である。だが、彼女は、いわゆる王子様がいつか迎えに来てくれるのを待つお姫さまではない。王子様本人に憧れるあまり、自分が王子様になりたいという願望を持つようになった少女だったのだ。鳳学園に入学したウテナは、そこで「薔薇の花嫁」と呼ばれる少女、姫宮アンシーと、天上ウテナが王子様から貰ったのと同じ指輪「薔薇の刻印」を持つ生徒会役員達(デュエリスト)に出会う。彼らは、「世界の果て」という謎の人物からの手紙に従い、「薔薇の花嫁」を賭けて決闘を繰り返していた。薔薇の花嫁とエンゲージしたものに与えられるという、「永遠」に至る「世界を革命する力」を得るために。そして、ウテナもまたこの決闘ゲームに巻き込まれていく。