時は2007年。
研究学園都市・皇樹学園に3人の少年がやってきた。
22世紀の未来から来たガウル、コウジ、リョウ、その3人の目的は、未来世界を支配する圧制の超国家「クヴェレ」の打倒であり、クヴェレ発足の引き鉄となる第三次世界大戦の阻止、そしてその遠因となる超技術「インクルード・セル」の研究開発の妨害だった。
だが、彼等を追って未来から送り込まれた刺客・生物兵器「ジェネレイター」の襲撃、学園を支配するクヴェレの尖兵・斉藤リュウコの策謀により、ガウル達の使命の達成は困難に追い込まれるのだった。