2013年、某県マネキ市は三島コンツェルンの本拠地として成立している都市である。その都市に生活するマッド・サイエンティスト夏目久作によって製作された万能猫脳アンドロボットであるヌクヌクは、女子高生として高校に通うことになった。

そこで出会ったのは、硬派を気取るがイマイチ締まらない少年、常にアコースティックギターを持ち歩く若大将気取り、マッド・サイエンティスト予備軍の発明オタク、ホイッスルがトレードマークの熱血学級委員、お蝶婦人も真っ青のタカビー娘、呪術が趣味の過激な根暗少女、読書が趣味の必要以上に寡黙なメガネ少女と、ヌクヌクや夏目家にも負けず劣らずアクの強い同級生達であった。

一方、三島の若社長三島重三は自社のシェア拡大を世界征服に例えて、会社をショッカーまがいの悪の組織風(あくまで“風”であることに注意)に仕立てて活動する困った人物。商品として開発した巨大メカを市街地でデモンストレーションするが、暴走事故を起こしては損害を出す。

三島に対抗意識を燃やす久作に煽られ、三島のお騒がせ巨大メカから町と家族、友人を守る為、正義のアンドロボットヌクヌクは今日も戦うのであった。